Вратњанске прерасти су најизразитије међу свим прерастима у Источној Србији. Идући уз клисуру, око 200 метара изнад манастира, наилазимо на прераст висине око 30 метара изнад реке. Распон свода је 30-35 метара, а ширина крова 7-10 метара. Ово је према ширини и висини сразмерно узан мост, те је лепши. Његову лепоту повећава кречњачка маса која се у облику купе издиже над сводом природног моста. То је Мала прераст. Стотину метара даље је Велика прераст, која се диже 15-20 метара над реком. Он по висини заостаје за сводом мале прерасти, али је знатно дужи и нешто шири од њега. Свод Велике прерасти дугачак је око 40 метара а широк 35-40 метара.

Велика и Мала прераст су природни излаз, врата између којих се пробија Вратњанска река. У зидинама овог природног града такође има неколико кратких, проходних поткапина. Простор између двеју Вратњанских прерасти има изглед крашке котлинице, чије се стране дижу вертикално до 80 метара. Саме прерасти представљају последње остатке пећине.